Международное научное объединение "Prospero" проводит научное сотрудничество с отраслевыми научно-исследовательскими организациями и ВУЗами, осуществляет деятельность на уровне выполнения совместных исследований, взаимных консультаций, публикаций, а также рецензирования научно-исследовательских разработок, осуществляемых этими организациями.

С каждым годом расширяются творческое и научное сотрудничество с Государственными ВУЗами России: Российским государственным техническим университетом, Московским и Санкт-Петербургским государственными университетами, Калининградским государственным техническим университетом, Иркутским государственным университетом, Астраханским государственным техническим университетом и его филиалом в г. Дмитров Моск. обл., Обществом естествоиспытателей СПбГУ, а также другими учебными заведениями. Совместные исследования с ВУЗами проводятся с целью вовлечения студентов в практическое решение проблем применения точных наук на практике, обмена опытом и базой знаний среди ученых и сотрудников НИИ.